Pada awal nya fakultas kedokteran Universitas Riau (FK Unri) bernama Program Pendidikan Dokter Universitas Riau (PPD Unri) yang memulai kegiatan proses belajar mengajar sejak diterbitkannya Surat Keputusan Izin Penyelenggaraan Program Pendidikan Dokter Unri No.3082/D/T/2001. Tanggal 25 September 2001 oleh Direktur Jendral Pendidikan Tinggi. Dengan dikeluarkannya SK tersebut, maka pada tahun akademik (TA) 2001/2002, PPD Unri menerima 62 orang mahasiswa yang diseleksi melalui UMPTN (Ujian Masuk Perguruan Tinggi Negri) Khusus dan PBUD (Penelusuran Bibit Unggul Daerah) untuk seluruh kabupaten/kota di Provinsi Riau. Kuliah perdana PPD Unri dilaksanakan di Aula Gubernuran Provinsi Riau pada tanggal 3 September 2001 yang dibuka langsung oleh Gubernur Riau H.Saleh Djasit, SH, sedangkan kuliah umum diberikan oleh Prof.dr.H.Khamardi Thalut, SpB, yang berasal dari Fakultas Kedokteran Universitas Andalas (FK Unand) Padang dan juga merupakan ketua Tim Asistensi PPD Unri.Awalnya kegiatan perkuliahan dan praktikum serta kegiatan administratif dilaksanakan di kampus Bina Widya Unri, Simpang Baru dan di Kompleks RSUD Provinsi Riau.