Agar dapat melakukan pekerjaaan profesi dokter, lulusan Prodi Profesi Dokter FK UII harus menjalani dulu Program Internsip Dokter Indonesia (PIDI). Program ini dilaksanakan selama 1 (satu) tahun, yaitu 8 bulan di Rumah Sakit dan 4 bulan di Puskesmas dalam rangka pemahiran dan penyelarasan antara hasil pendidikan dengan praktik di lapangan. Setelah menyelesaikan program internsip, peserta PIDI akan mendapatkan Surat Tanda Registrasi (STR) dari Konsil Kedokteran Indonesia. Surat ini merupakan salah satu prasyarat untuk mendapatkan Surat Izin Praktek (SIP) yang diperlukan oleh seorang dokter untuk melakukan praktek kedokteran.

Dokter lulusan Prodi Profesi Dokter FK UII mempunyai peluang karir sebagai klinisi yang melakukan praktek kedokteran secara pribadi maupun pada instansi kesehatan pemerintah atau swasta seperti rumah sakit, puskesmas, dan klinik. Selain itu mereka juga dapat meniti karir dalam bidang manajerial pada instansi kesehatan. Lulusan Prodi Profesi Dokter FK UNRI juga dapat bekerja sebagai tenaga pendidik (dosen), ataupun menjadi peneliti pada lembaga penelitian pemerintah maupun swasta. Dokter lulusan FK UNRI juga dapat melanjutkan studi baik studi strata 2 (S2) pada Program Pendidikan Pascasarjana maupun melanjutkan studi pada Program Pendidikan Dokter Spesialis (Sp-1).